2285年,在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号,返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为:如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等,最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知,进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他,斯波克的遗体必须返回瓦肯星,否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星,寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合,因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可是,星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊,企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕,但这并没有影响到整个计划:在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱,并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击,斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险,驾驶进取号航向创世星。其间,克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造为一种新式武器,克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰,去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号上,戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测。他们很快便在地面上发现了生命形式,出于好奇心的驱使,他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数,他们发现了幼年斯波克的活体:成长速度奇快,但却没有意识或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星,他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会,进取号也抵达穆塔拉星区(Mutara Sector),很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命,柯克使用了一个计谋来重新掌控局势,但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择,柯克只得向克林贡人投降。柯克为了重新占据上风,冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送上了创世星,目睹着进取号在一片亮光中毁灭,同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可,并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量,斯波克的遗体得以重生,并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时,斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时,创世星开始了剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下,猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后,斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功,复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的船员们,为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他;柯克告诉他,有些时候需要“牺牲大我,成全小我”。
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